酶切位点保护碱基

《酶切位点保护碱基》由会员分享，可在线阅读，更多相关《酶切位点保护碱基（4页珍藏版）》请在装配图网上搜索。

1、PCF设计引物时酶切位点的保护 酶 寡核苷酸序列 切割率% 2hr 20hr r~ AccI GGTCGACC o 0 CGGTCGACCG 0 0 CCGGTCGACCGG 0 0 AflIII CACATGTG 0 0 CCACATGTGG >90 >90 CCCACATGTGGG >90 >90 AscI GGCGCGCC >90 >90 AGGCGCGCCT >90 >90 TTGGCGCGCCAA >90 >90 AvaI CCCCGGGG 50 >90 CCCCCGGG

2、GG >90 >90 TCCCCCGGGGGA >90 >90 1 BamHI CGGATCCG 10 25 CGGGATCCCG >90 >90 CGCGGATCCGCG >90 >90 BglII CAGATCTG 0 0 GAAGATCTTC 75 >90 GGAAGATCTTCC 25 >90 f BssHII GGCGCGCC 0 0 AGGCGCGCCT 0 0 TTGGCGCGCCAA 50 >90 BstEII GGGT(A/T)ACCC 0 10 BstXI AA

3、CTGCAGAACCAATGCATTGG 0 0 AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA 25 50 CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT 25 >90 ClaI CATCGATG 0 0 GATCGATC 0 0 CCATCGATGG >90 >90 CCCATCGATGGG 50 50 EcoRI GGAATTCC >90 >90 CGGAATTCCG >90 >90 CCGGAATTCCGG >90 >90 HaeIII GGGGCCCC >90 >90

4、AGCGGCCGCT >90 >90 TTGCGGCCGCAA >90 >90 HindIII CAAGCTTG 0 0 CCAAGCTTGG 0 0 CCCAAGCTTGGG 10 75 KpnI GGGTACCC 0 0 GGGGTACCCC >90 >90 CGGGGTACCCCG >90 >90 MluI GACGCGTC 0 0 CGACGCGTCG 25 50 NeoI CCCATGGG 0 0 CATGCCATGGCATG 50 75 NdeI CCATATGG 0

5、0 CCCATATGGG 0 0 CGCCATATGGCG 0 0 GGGTTTCATATGAAACCC 0 0 GGAATTCCATATGGAATTCC 75 >90 GGGAATTCCATATGGAATTCCC 75 >90 NheI GGCTAGCC 0 0 CGGCTAGCCG 10 25 CTAGCTAGCTAG 10 50 NotI TTGCGGCCGCAA 0 0 ATTTGCGGCCGCTTTA 10 10 AAATATGCGGCCGCTATAAA 10 10 ATA

6、AGAATGCGGCCGCTAAACTAT 25 90 AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA 25 >90 NsiI TGCATGCATGCA 10 >90 CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT >90 >90 — PaeI TTAATTAA 0 0 GTTAATTAAC 0 25 CCTTAATTAAGG 0 >90 PmeI GTTTAAAC 0 0 GGTTTAAACC 0 25 GGGTTTAAACCC 0 50 AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG

7、 75 >90 PstI GCTGCAGC 0 0 TGCACTGCAGTGCA 10 10 AACTGCAGAACCAATGCATTGG >90 >90 AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA >90 >90 CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT 0 0 PvuI CCGATCGG 0 0 ATCGATCGAT 10 25 TCGCGATCGCGA 0 10 SacI CGAGCTCG 10 10 SacII GCCGCGGC 0 0 TCCCCGCGGGGA

8、50 >90 — SalI GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC 0 0 GCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG 10 50 ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCG 10 75 GAA SeaI GAGTACTC 10 25 AAAAGTACTTTT 75 75 r~ SmaI CCCGGG 0 10 CCCCGGGG 0 10 CCCCCGGGGG 10 50 TCCCCCGGGGGA >90 >90 SpeI GACTAG

9、TC 10 >90 GGACTAGTCC 10 >90 CGGACTAGTCCG 0 50 CTAGACTAGTCTAG 0 50 SphI GGCATGCC 0 0 CATGCATGCATG 0 25 ACATGCATGCATGT 10 50 StuI AAGGCCTT >90 >90 GAAGGCCTTC >90 >90 AAAAGGCCTTTT >90 >90 r XbaI CTCTAGAG 0 0 GCTCTAGAGC >90 >90 TGCTCTAGAGCA 75

10、>90 CTAGTCTAGACTAG 75 >90 XhoI CCTCGAGG 0 0 CCCTCGAGGG 10 25 — CCGCTCGAGCGG 10 75 XmaI CCCCGGGG 0 0 CCCCCGGGGG 25 75 CCCCCCGGGGGG 50 >90 TCCCCCCGGGGGGA >90 >90 注释： 1. 如果要加在序列的5'端，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的5'端加上相应的碱基（黑色），相同如果要在3'端加保护碱基，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的3'端加上相应的碱基（黑色）。 2. 切割率：正确识别并酶切的效率加保护碱基时最好选用切割率高时加的相应碱基。