限制性内切酶酶切位点保护碱基

《限制性内切酶酶切位点保护碱基》由会员分享，可在线阅读，更多相关《限制性内切酶酶切位点保护碱基（5页珍藏版）》请在装配图网上搜索。

1、寡核苷酸近末端位点的酶切 (Cleavage Close to the End of DNA Fragme nts (olig onu cleotides)) 为了解不同内切酶对识别位点以外最少保护碱基数目的要求， NEB 采用了一系列 含识别序列的短双链寡核苷酸作为酶切底物进行实验。实验结果对于确定双酶切 顺序将会有帮助（比如在多接头上切割位点很接近时），或者当切割位点靠近 DNA末端时也很有用。在本表中没有列出的酶，则通常需在识别位点两端至少加 上6个保护碱基，以确保酶切反应的进行。 实验方法：用丫 -[ 32P]ATP在T4多聚核苷酸激酶的作用下标记 0.1A26。单位的寡 核苷

2、酸。取1 yg已标记了的寡核苷酸与20单位的内切酶，在20°C条件下分别 反应2小时和20小时。反应缓冲液含 70 mM Tris-HCl （pH 7.6）, 10 mM MgCl 2 , 5 mMDTT及适量的NaCI或KCl （视酶的具体要求而定）。20%勺PAGE（ 7 M尿素） 凝胶电泳分析，经放射自显影确定酶切百分率。 本实验采用自连接的寡核苷酸作为对照。 若底物有较长的回文结构，切割效率则 可能因为出现发夹结构而降低。 1 1酶 寡核苷酸序列 链长 切割率% 2 hr 20 hr Acc I GGTCGAC C 8 0 0 CG GTCGAC CG

3、 10 0 0 CCG GTCGAC CGG 12 0 0 Afl III CACATGT G 8 0 0 CCACATGT GG 10 >90 >90 CCC ACATGT GGG 12 >90 >90 Asc I GGCGCGCC 8 >90 >90 AGGCGCGCC T 10 >90 >90 TTGGCGCGCC AA 12 >90 >90 Ava I CCCCGGG G 8 50 >90 CCCCCGGG GG 10 >90 >90 TCC CCCGGG GGA 12

4、 >90 >90 f BamH I CGGATCC G 8 10 25 CG GGATCC CG 10 >90 >90 CGC GGATCC GCG 12 >90 >90 厂 Bgl II CAGATCT G 8 0 0 GAAGATCT TC 10 75 >90 GGA AGATCT TCC 12 25 >90  ‘BssH II GGCGCGC C 8 0 0 AG GCGCGC CT 10 0 0 TTG GCGCGC CAA 12 50 >90 ‘BstE II GGGT

5、(A/T)ACC C 9 0 10 'BstX I AACTGCAGAA CCAATGCATTGG 22 0 0 AAAACTGCAG CCAATGCATTGG AA 24 25 50 CTGCAGAA CCAATGCATTGG ATGCAT 27 25 >90 'Cla I CATCGAT G 8 0 0 GATCGAT C 8 0 0 CCATCGAT GG 10 >90 >90 CCC ATCGAT GGG 12 50 50 EcoR I G GAATTC C 8 >90 >90 CG

6、GAATTC CG 10 >90 >90 CCG GAATTC CGG 12 >90 >90 L Hae III GG GGCC CC 8 >90 >90 AGC GGCC GCT 10 >90 >90 TTGC GGCC GCAA 12 >90 >90 Hind III CAAGCTT G 8 0 0 CCAAGCTT GG 10 0 0 CCC AAGCTT GGG 12 10 75 r~ Kpn I GGGTACC C 8 0 0 GG GGTACC CC 10 >90 >90

7、 CGG GGTACC CCG 12 >90 >90 Mlu I GACGCGT C 8 0 0 CG ACGCGT CG 10 25 50 r~ Nco I CCCATGG G 8 0 0 CATG CCATGG CATG 14 50 75 Nde I CCATATG G 8 0 0 CC CATATG GG 10 0 0 CGC CATATG GCG 12 0 0 GGGTTT CATATG AAACCC 18 0 0 GGAATTC CATATG GAATTCC 20 75

8、 >90 GGGAATTC CATATG GAATTCCC 22 75 >90 Nhe I GGCTAGC C 8 0 0 CG GCTAGC CG 10 10 25 CTA GCTAGC TAG 12 10 50  ‘Not I TTGCGGCCGC AA 12 0 0 ATTT GCGGCCGC TTTA 16 10 10 AAATAT GCGGCCGC TATAAA 20 10 10 ATAAGAAT GCGGCCGC TAAACTAT 24 25 90 AAGGAAAAAA GCGGC

9、CGC AAAAGGAAAA 28 25 >90 Nsi I TGC ATGCAT GCA 12 10 >90 CCA ATGCAT TGGTTCTGCAGTT 22 >90 >90 Pac I TTAATTAA 8 0 0 GTTAATTAA C 10 0 25 CC TTAATTAA GG 12 0 >90 f~ Pme I GTTTAAAC 8 0 0 GGTTTAAAC C 10 0 25 GG GTTTAAAC CC 12 0 50 AGCTTT GTTTAAAC GGCGCGCC

10、GG 24 75 >90 Pst I GCTGCAG C 8 0 0 TGCA CTGCAG TGCA 14 10 10 AACTGCAG AACCAATGCATTGG 22 >90 >90 AAAA CTGCAG CCAATGCATTGGAA 24 >90 >90 CTGCAG AACCAATGCATTGGATGCAT 26 0 0 Pvu I CCGATCG G 8 0 0 ATCGATCG AT 10 10 25 TCG CGATCG CGA 12 0 10 Sac I CGAGCTC

11、G 8 10 10 厂 Sac II GCCGCGG C 8 0 0 TCC CCGCGG GGA 12 50 >90 Sal I GTCGAC GTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC 28 0 0 GC GTCGAC GTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG 30 10 50 ACGC GTCGAC GTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA 32 10 75 厂 Sea I GAGTACT C 8 10 25 AAA AGTACT TTT 12 75 75 Sma I CCCGGG 6

12、 0 10 CCCCGGG G 8 0 10 CCCCCGGG GG 10 10 50 TCC CCCGGG GGA 12 >90 >90 — Spe I GACTAGT C 8 10 >90 GG ACTAGT CC 10 10 >90 CGG ACTAGT CCG 12 0 50  厂 CTAG ACTAGT CTAG 14 0 50 Sph I GGCATGC C 8 0 0 CAT GCATGC ATG 12 0 25 ACAT GCATGC ATGT 14 10

13、 50 Stu I AAGGCCT T 8 >90 >90 GAAGGCCT TC 10 >90 >90 AAAAGGCCT TTT 12 >90 >90 — Xba I CTCTAGA G 8 0 0 GC TCTAGA GC 10 >90 >90 TGC TCTAGA GCA 12 75 >90 CTAG TCTAGA CTAG 14 75 >90 — Xho I CCTCGAG G 8 0 0 CC CTCGAG GG 10 10 25 CCG CTCGAG CGG 12 10 75 Xma I CCCCGGG G 8 0 0 CCCCCGGG GG 10 25 75 CCC CCCGGG GGG 12 50 >90 TCCC CCCGGG GGGA 14 >90 >90