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1、核酸分子杂交技术核酸分子杂交技术 固相杂交:n菌落原位杂交（colony in situ hybridization）n斑点杂交法（Dot blot）nSouthern印迹杂交（Southern blot）nNorthern印迹杂交（Northern blot）n组织原位杂交（Tissue in situ hybridization）液相杂交 定义：特定标记的已知序列的核酸作为探针与细胞或组织切片中的核酸进行杂交并对标记的探针进行检测的方法称为原位杂交。Detection of DNA by nucleic acid hybridization 分类分类核酸探针标记方法：原理原理n探针标记：同
2、位素标记和非同位素标记的探针（生物素标记和地高辛标记）n探针与靶序列根据碱基互补配对原则特异性结合n检测标记的探针：放射自显影、荧光检测和酶法检测。优点优点 n不需要从组织中提取核酸，对组织中含量极低的靶序列具有极高的敏感性。n能够完整的保持组织和细胞的形态，能更准确地反映组织细胞的功能状态以及功能上的相互联系。应用应用n 特定的核酸序列在染色体中的精确定位。n 与细胞内的RNA杂交观察该基因的定位、定量表达。n 用特异性的细菌或病毒的核酸作为探针对组织或细胞进行杂交，以确定有无病原体的感染。原位杂交流程原位杂交流程n探针的标记n取材n切片:石蜡切片 冰冻切片n杂交前预处理n杂交n杂交后洗去未
3、结合的及非特异性结合的探针n探针的检测探针的标记缺刻平移法标记DNA探针DNA Nick translation DNA Random primed labeling RNA probe labeling 原位杂交条件的选择原位杂交条件的选择增强组织的通透性和核酸探针的增强组织的通透性和核酸探针的穿透性穿透性nTriton X-100 n消化酶如胃蛋白酶、胰蛋白酶、胶原蛋白酶和淀粉酶（diastase）等 消化n乙酰化：浸入乙酸酐和三乙醇胺中以减低静电效应，减少探针对组织的非特异性背景染色。杂交杂交杂交的温度Tm：能使50%的核苷酸变性解链所需的温度，叫解链温度或融解温度（melting te
4、mperature,简称）。Tm相关因素：CG含量；核酸的匹配程度；DNA探针：Tm是90，RNA探针：Tm是95。甲酰胺可降低杂交Tm：反应液中每增加1%的甲酰胺浓度，Tm值可降低0.72。高盐可降低Tm值苛刻复性温度：Ts=Tm (10或15)非苛刻复性温度：Tns=Tm (30或35)nTm798一D十0.584GC十16lgNa一F(formamine)一L n D：是用来校正各种不同类型杂交体热稳定性的差别系数。DNA：DNA 10 DNA：RNA 5 RNA：RNA 0nGC：杂交体中G十C碱基的百分比。nNa：杂交液中单价阳离子的摩尔浓度。nF：是由甲酰胺引起的Tm下降常数，在D
5、NA：DNA、DNA：RNA和RNA：RNA杂交中，F值分别为0.65、0.5和0.35。n(formamine)：杂交液中甲酰胺的百分比浓度。L用以校正双链长度对Tm的影响。杂交体双链的热稳定性随着其长度的缩短而降低。L值可用公式计算：LBI。其中B300十2000Na(Na应为0.05一0.5mol)，I为双链的长度，用bp表示。n杂交的温度时间：1620小时n探针的浓度：应用最低探针浓度以达到与靶核苷酸的最大饱和结合度。杂交后处理杂交后处理 n洗涤nRNAase消化并洗涤使用地高辛标记的使用地高辛标记的RNA探针的冰冻切片探针的冰冻切片的原位杂交的原位杂交实验准备实验准备n玻璃仪器的处理
6、：洗液、碱过夜、自来水、蒸馏水、180灭菌6小时。n塑料器皿的处理：DEPC处理n药品的配制：药品专用、必要时DEPC处理n载片的处理：清洁如玻璃仪器 硅化处理：多聚赖氨酸处理探针的标记探针的标记n根据被检测基因的cDNA序列设计合成引物nRT-PCR的方法得到扩增产物n回收扩增产物克隆到质粒载体n测序n使用地高辛标记的d-UTP应用体外转录系统转录合成标记的RNA探针n取材：根据需要把材料切成3-5mm的小块迅速投入，液氮中，-70 C保存。n切片：10M，-70 C保存n室温干燥30分钟或50C、2minn固定：4%多聚甲醛（pH9.5）室温固定1小时n洗涤：1PBS，2 3minn蛋白抽
7、提：1%Tron-100，室温20min n预杂交室温15min，n预杂交液：5 SSC，50%甲酰胺杂交：55 C，16小时以上杂交液：5 SSC 50%甲酰胺 0.02%BSA 250 g/ml Trna 10%硫酸葡聚糖 1 g/ml 变性探针杂交后处理：50%甲酰胺 5 SSC，15min 1，55 C50%甲酰胺 2SSC，30min 1，55 C50%甲酰胺 0.2SSC，30min 2，55 C0.2SSC，5min 1，室温Buffer1 5min 1，室温1%Blooking 1hr 室温0.5%Blooking+碱性磷酸酶标记的抗地高辛抗体 1：5000 4 C 过夜Buf
8、fer1 10min 3，室温Buffer3 5min 1，室温加显色液，黑暗室温静止显色。显色液：Buffer3 中含 0.33 mg/ml NBT（氮蓝四唑）0.165 mg/ml BCIP（5-溴-4-氯-3-吲哚磷酸盐）2mM Levamisole观察出现信号后，去掉显色液，甲基绿对染照相，保存。原位杂交中注意的问题：杂交前处理要严格避免RNA酶的污染。杂交前后的仪器、器皿、药品要分开使用。杂交前使用的器皿、试剂严格处理。杂交前操作带手套。实验结果的判定实验结果的判定nNorthern 和 Southern印迹杂交法证明的方式 n免疫组织化学检测蛋白的表达。n对照实验：n阳性对照：取阳性组织做实验n阴性实验：不加探针 加sense探针 在预杂交液和杂交液中加入sense探针课堂测验课堂测验n简述应用地高辛标记的RNA探针检测石蜡组织切片的原理和基本步骤
生物显微技术第五章原位杂交
