pubmed外文摘要信息获取

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1、单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,,南方医科大学医学情报学教研室,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,,南方医科大学医学情报学教研室,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,,南方医科大学医学情报学教研室,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四

2、级,第五级,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,,*,,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,,*,,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,,*,pubmed外文摘要信息获取,一、常用外文摘要数据库,二、认识PubMed文献,三、PubMed检索特点〔重点〕,四、PubMed根本检索功能〔重点〕,五、PubMed高级检索功能〔重点〕,六、PubMed检

3、索结果的处理,七、PubMed主题词检索,八、MyNCBI个性化效劳,,外文摘要信息获取,,,一、常用外文摘要数据库,常用外文摘要数据库,PubMed,EMBase,Engineering Village 2,Web of Science,Scopus,BIOSIS Preview,SciFinder Scholar,,PubMed,概况,(com; org; net),由美国国立医学图书馆〔National Library of Medicine - NLM〕国家生物技术信息中心〔National Center for Biotechnology Information - NCBI〕向因特

4、网用户提供免费MEDLINE检索效劳(自1997-6-26起),收录80多个国家5000多种生物医学期刊的题录与文摘，是世界上最权威的医学数据库。,现有1865年以来的2000多万篇文献的记录(其中MEDLINE记录1830多万条),最近3年平均每年增加80余万条文献记录,在全部记录中有78%的文献为英文；在2000年以来的记录中90%的文献为英文；收录中文刊60余种〔我校学报被收录〕 。,,PubMed,概况,PubMed,的外部链接功能,,提供NCBI开发的分子生物学数据库的链接，如Nucleotide、Protein、Genome、OMIN、Structure、Taxonomy等。,提供

5、美国国立医学图书馆多种资源的链接,提供相关文献〔RELATED ARTICLES〕的链接,提供其它外部资源的链接，如生物医学期刊网站全文链接、NCBI资源。,外部链接,外部链接,二、认识,PubMed,文献,检索练习与演示,问题：砒霜是什么？有什么特点与作用？,砒霜〔三氧化二砷，白砷〕：arsenic trioxide, white arsenic，As2O3,利用PubMed数据库检索有关砒霜的文献,作者,AU,题名,TI,来源,SO,PubMed记录类型〔状态〕,,PubMed,题录,PubMed记录类型〔状态〕,PubMed除了1966年以前的OldMedline，其余文献记录按处理过程

6、分4种类型〔或状态〕,PubMed - as supplied by publisher,PubMed - in process,PubMed,PubMed - indexed for MEDLINE,属于,Medline,收录范围，建立,ti,、,au,、,ab,等基本书目信息。,不属于,Medline,收录范围，但也建立,ti,、,au,、,ab,等基本书目信息。,赋予,MeSH,、,PT,等字段并被,index,。,三、,PubMed,检索特点,,PubMed,检索特点,检索运算符AND、NOT、OR必须大写。,(vitamin c OR zinc) AND common cold,支

7、持截词检索〔*〕，但对词组无效。,如bacter*, 可以检出以bacter为词干的单词bacteria、bacterium等最多600个单词。,截词检索时，系统的自动词语匹配功能和MeSH自动扩展功能将不再被执行，如：heart attack* 将不映射到 MeSH 词 Myocardial Infarction。,PubMed,检索特点,强制检索：双引号," ",或限定字段,,"endocrine disruption",,endocrine disruption,注意：所有的,",,",,、*、,( ),、,-,都必须是英文状态下输入。,PubMed,常用字段,Affiliation

8、[AD] 〔机构地址〕,Author [AU]〔作者〕：姚开泰〔yao kai tai --> yao kt, yao kaitai --> yao k〕；,tan j[au] 与 "tan j"[au] 不同,Language [LA]〔文献语种〕：chinese [la] 或 chi [la] 〔前3个字母〕,MeSH Terms [MH]〔主题词〕：自动扩展下位主题词；如需关闭该功能，使用[mh:noexp],,PubMed,常用字段,Publication Date [DP] 〔出版日期〕：1998/03[dp]; 1998[dp]; 1996:1998[dp]; 1998/01:19

9、98/04 [dp],Publication Type [PT]〔文献类型〕：review[pt],Title [TI] 〔文献题名〕,Text Words [TW] 〔文本词〕 ：包括Title, Abstract, MeSH Terms, MeSH Subheadings, Chemical Substance Names, Personal Name as Subject 等 字段,Title/Abstract [TIAB] 〔题名与摘要〕,检索练习,检索珠江医院医护人员发表的论文,〔zhujiang hospital; zhu jiang hospital 〕,检索珠江医院肝胆外科方驰

10、华教授发表的论文,检索珠江医院医护人员2005年以来发表的英文论文,四、PubMed根本检索功能,检索练习与演示,2000年10月4日美国食品药物管理局〔FDA〕批准以砒霜〔三氧化二砷〕治疗某种类型的白血病,用砒霜治疗的白血病名称是：acute promyelocytic leukemia〔APL，急性早幼粒细胞白血病〕,砒霜(三氧化二砷，白砷)：arsenic trioxide, white arsenic，As2O3,利用PubMed数据库检索有关砒霜治疗白血病的文献,自由词检索,在检索框中键入一到多个单词，如键入：,vitamin c AND common cold,hepatitis

11、b AND (diagnosis OR therapy),,检索词可出现于,PubMed,各记录中的标题、摘要等,全部可检索字段,。,自由词检索,自由词检索,检索细节〔Search Details〕,转换后的检索式可进展修改,作者检索,检索时姓用全称，名用首字母。2002年以来的文献可以用姓名全拼形式查找。,作者姓名书写格式,1. 西方人姓名书写格式：First name、Middle Name、Last name。,美国肯尼迪总统名为： John Frank Kenedy，Kenedy为Last name〔姓〕。,Frank为Middle name，比较少看到，多看到 John F. Ke

12、nedy，中间名缩写了。,如果看到姓名中间有逗号，那么逗号前一定是姓。如： Kenedy, John F.,作者检索,作者姓名,书写格式,2.,中国人姓名,格式：,Last name,、,First name,。如：钟世镇，就有如下拼写形式可供检索：,Shi-zhen Zhong,；,Shi zhen Zhong,Zhong shi-zhen,；,Zhong,，,shi zhen,Zhong,，,shi-zhen,,→,zhong sz,Shizhen Zhong,，,zhong shizhen,→,zhong s,期刊检索,检索时可输入期刊全名，如：molecular biology of

13、the cell，系统自动转换为〞mol biol cell〞 [Journal Name]；也可输入期刊标准缩写形式〔如：mol biol cell〕或期刊的ISSN〔国际标准出版物编号，如：1059-1524〕。,如果期刊名是一个单词或恰好是MeSH词表中的词，如Gene Therapy、Science、Cell等，那么必须在刊名后加[ta]〔期刊名称字段标识符〕，也可使用[so]。,期刊检索,如果杂志全名中包括括弧或方括号，键入时应该予以取消，例如杂志名为：,J Hand Surg [Am],，检索时应转成：,J Hand Surg Am,。,中文期刊，用汉语拼音：,Nan fang y

14、i ke da xue xue bao,Beijing da xue xue bao,Zhonghua nei ke xue za zhi,限定检索〔Limits〕,文献类型〔Type of Article〕、语种〔Languages〕、文献子集限定〔Subsets〕,研究对象：物种〔Species〕、性别〔Sex〕 、年龄〔Ages〕,全文链接〔Full Text 或 Free Full Text〕、有摘要〔Abstracts〕,以上各种限定可以单独或组合进展。,限定检索界面,五、,PubMed,高级检索功能,检索举例,姚开泰院士2001年以前发表的有关鼻咽癌〔nasopharyngeal

15、 cancer〕方面的文献,分析,姚开泰， 2001年以前， nasopharyngeal cancer,点击“Limits〞后显示限定检索框,各检索式之间可以进展逻辑组配，可以#n代替检索式。,注意：限定检索完毕后，点击“Change〞修改或“Remove〞取消限定项。,为了验证检索结果是否正确，需通过,Abstract,格式查看作者所在的机构名称。,六、,PubMed,检索结果的处理,检索结果的处理,显示格式 (Display Settings),结果排序 (Display Settings - Sort by),保存为本地文件〔最多10000篇〕(Send to – File),临时存

16、放至剪贴板 (Send to – Clipboard),保存为个人资料集 (Send to – Collections),发送至电子邮箱 (Send to – E-mail),〔一〕显示格式设置〔Display Settings〕,题录格式：作者、题名、出处,显示格式——Summary格式〔默认〕,显示格式,——Abstract,格式,显示格式,——MEDLINE,格式,导入,NoteExpress,的必选格式,〔二〕将检索结果保存为本地文件,〔三〕检索结果临时存放至剪贴板〔Clipboard〕,将每次选中的检索结果暂时保存至此,最后集中处理〔下载存盘或发E-mail〕,最多500条记录,断开

17、连接后仍可保存8小时,选取记录，将记录发送到,Clipboard,记录保存到,Clipboard,后有提示信息,在,Clipboard,中查看保存的记录,,在检索历史中显示,Clipboard,操作历史,〔四〕将检索结果发送到邮箱,七、,PubMed,主题词检索,MeSH (,Me,dical,S,ubject,H,eadings),,PubMed记录中的医学主题词(MeSH)是由标引员为PubMed中的Medline文献所人工指定的词。,例：ascorbic acid是MeSH Terms，而vitamin c那么不是。,标引员使用能恰当描述文章内容的最相关MeSH词。通常一篇文章可有多个M

18、eSH词。,PubMed,能自动地为输入的检索词寻找相应的,MeSH,词,用户利用一个,MeSH,词能找出所有有关该主题的文献,,不同拼写：,leukemia(s), leukaemia(s)→leukemia,同义词：,tumor(s), tumour(s), cancer(s),neoplasm(s) →neoplasms,,MeSH (,Me,dical,S,ubject,H,eadings),,MeSH,词独有特征,主要,MeSH,词(,MAJOR TOPIC): MeSH term as main subject of the article (*),次要,MeSH,词,扩展,(,E

19、XPLODE)：chosen MeSH term and all more specific underlying MeSH terms,副主题词(,SUBHEADINGS),SubHeadings,副主题词,对一个主题词的多个方面进展修饰限定的词，又称限定词。,目前有83个副主题词,并非每个主题词都能和83个副主题词组配。,主题词等级排列，检索时可以将包含其下位词的文献都检索出来。,一个主题词可以同时处在不同类目下。,可选用的副主题词,,,检索有关糖尿病〔Diabetes 〕流行病学方面的文献。,第一步：输入检索词。,第二步：确定主题词,第三步：确定副主题词,第四步：发送到检索框并检索,检索

20、完毕,八、MyNCBI个性化效劳,MyNCBI个性化效劳,存储检索式，定期发送最新相关文献。,,设定检索过滤器，使检索结果更加个性化。,,存储检索结果文献。,注册,My NCBI,账号,注意大小写,1.,存储检索式,2.,设定检索过滤器,每个账号可对,PubMed,设置,15,个过滤器，对其他数据库可设置,5,个过滤器。,查找可设定的过滤器,可自行定制过滤器,查看设定的过滤器,3.,存储检索结果文献,检索练习,1. 2000,年以来钟世镇院士有关三维重建的论文。,,(Zhong Shi Zhen, Zhong Shi-Zhen, Zhong Shizhen; three-dimensional reconstruction, 3D reconstruction, three-dimensional modeling),2. .,检索南方医院发表的有关白血病方面的论文。,( nanfang hospital, nan fang hospital; leukemia ),3.,最近半年有关儿童白血病治疗方面的英文综述。,(child, children; leukemia; therapy),4.,利用主题词检索1998年以来有关80岁以上老人胆石症诊断方面的文献。( cholelithiasis; diagnosis ),谢谢,