保护碱基列表

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1、. PCR设计引物时酶切位点的保护 酶 寡核苷酸序列 切割率 % 2 hr 20 hr Acc I G GTCGAC C 0 0 CG GTCGAC CG 0 0 CCG GTCGAC CGG 0 0 Afl III C ACATGT G 0 0 CC ACATGT GG >90 >90 CCC ACATGT GGG >90 >90 Asc I GGCGCGCC >90 >90 A GGCGCGCC T >90 >90 TT GGCGCGCC AA

2、 >90 >90 Ava I C CCCGGG G 50 >90 CC CCCGGG GG >90 >90 TCC CCCGGG GGA >90 >90 BamH I C GGATCC G 10 25 CG GGATCC CG >90 >90 CGC GGATCC GCG >90 >90 Bgl II C AGATCT G 0 0 GA AGATCT TC 75 >90 GGA AGATCT TCC 25 >90 BssH II G GCGCGC C 0 0 AG GCGC

3、GC CT 0 0 TTG GCGCGC CAA 50 >90 BstE II G GGT(A/T)ACC C 0 10 BstX I AACTGCAGAA CCAATGCATTGG 0 0 AAAACTGCAG CCAATGCATTGG AA 25 50 CTGCAGAA CCAATGCATTGG ATGCAT 25 >90 Cla I C ATCGAT G 0 0 G ATCGAT C 0 0 CC ATCGAT GG >90 >90 CCC ATCGAT GGG 50 50

4、 EcoR I GGAATTC C >90 >90 CG GAATTC CG >90 >90 CCG GAATTC CGG >90 >90 1 / 4 Hae III Hind III Kpn I Mlu I Nco I Nde I Nhe I Not I Ns

5、i I Pac I Pme I . GG GGCC CC >90 >90 AGC GGCC GCT >90 >90 TTGC GGCC GCAA >90 >90 C AAGCTT G 0 0 CC AAGCTT GG 0 0 CCC AAGCTT GGG 10 75 G GGTACC C 0 0 GG GGTACC CC >90 >90 CGG GGTACC CCG >90 >90 G ACGCGT C 0 0 CG A

6、CGCGT CG 25 50 C CCATGG G 0 0 CATG CCATGG CATG 50 75 CCATATG G 0 0 CC CATATG GG 0 0 CGC CATATG GCG 0 0 GGGTTT CATATG AAACCC 0 0 GGAATTC CATATG GAATTCC 75 >90 GGGAATTC CATATG GAATTCCC 75 >90 G GCTAGC C 0 0 CG GCTAGC CG 10 25 CTA GCTAGC TAG 10

7、 50 TT GCGGCCGC AA 0 0 ATTT GCGGCCGC TTTA 10 10 AAATAT GCGGCCGC TATAAA 10 10 ATAAGAAT GCGGCCGC TAAACTAT 25 90 AAGGAAAAAA GCGGCCGC AAAAGGAAAA 25 >90 TGC ATGCAT GCA 10 >90 CCA ATGCAT TGGTTCTGCAGTT >90 >90 TTAATTAA 0 0 G TTAATTAA C 0 25 CC TTAATTAA GG 0

8、 >90 GTTTAAAC 0 0 GGTTTAAAC C 0 25 GG GTTTAAAC CC 0 50 AGCTTT GTTTAAAC GGCGCGCCGG 75 >90 2 / 4 Pst I Pvu I Sac I Sac II Sal I Sca I Sma I Spe I

9、 Sph I Stu I Xba I Xho I . G CTGCAG C 0 0 TGCA CTGCAG TGCA 10 10 AA CTGCAG AACCAATGCATTGG >90 >90 AAAA CTGCAG CCAATGCATTGGAA >90 >90 CTGCAG AACCAATGCATTGGATGCAT 0 0 C CGATCG G 0 0 AT CGATCG AT 10 25

10、 TCG CGATCG CGA 0 10 C GAGCTC G 10 10 G CCGCGG C 0 0 TCC CCGCGG GGA 50 >90 GTCGAC GTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC 0 0 GC GTCGAC GTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG 10 50 ACGC GTCGAC GTCGGCCATAGCGGCCGCG 10 75 GAA G AGTACT C 10 25 AAA AGTACT TTT 75 75 CCCGGG 0 10 C CCCGGG G

11、 0 10 CC CCCGGG GG 10 50 TCC CCCGGG GGA >90 >90 G ACTAGT C 10 >90 GG ACTAGT CC 10 >90 CGG ACTAGT CCG 0 50 CTAG ACTAGT CTAG 0 50 G GCATGC C 0 0 CAT GCATGC ATG 0 25 ACAT GCATGC ATGT 10 50 AAGGCCT T >90 >90 GA AGGCCT TC >90 >90 AAA AGGCCT TTT >90 >90 CT

12、CTAGA G 0 0 GC TCTAGA GC >90 >90 TGC TCTAGA GCA 75 >90 CTAG TCTAGA CTAG 75 >90 C CTCGAG G 0 0 CC CTCGAG GG 10 25 3 / 4 Xma I . CCG CTCGAG CGG 10 75 C CCCGGG G 0 0 CC CCCGGG GG 25 75 CCC CCCGGG GGG 50

13、 >90 TCCC CCCGGG GGGA >90 >90 注释： 1．如果要加在序列的 5‘端，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的 5’端加 上相应的碱基（黑色），相同如果要在 3‘端加保护碱基，就在酶切位点识 别碱基序列（红色）的 3’端加上相应的碱基（黑色）。 2．切割率：正确识别并酶切的效率 3。加保护碱基时最好选用切割率高时加的相应碱基。 4 / 4