6.用GOLD对接

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1、用GOLD进行对接 1. 使用Wizard进行对接：进入后直接选择 wizard 2. 按照给出的流程一步一步做就行了: 首先选择用来对接的蛋白: Er?tein 然后选择下一步对蛋白进行准备: 驚 GOLD “tup Wizard step 2： Protein setup •At iki s poLzlI tOjl tvavo tic cJLoxlc Io scLlt 声丿壬 protein stfaetura l rsqjurcd c. g-. aid. TdL总七石 waters.-. Global Zlpti emt 训冶？ Ti zardl si

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3、lelr^ Iiqand^ 选择 Global Option 旁边的 3MXF 舟 GOLD Setup ffizard step 2： Protein EEtup 离t thl. >int j^u ha专电 ihi chiriM tc- #4ir y^ir pr^teiTL ■gr^icbir* If reiunr^l 电 w 克dd hy血怕举nx d业1 色^at^rs.. Glb al Jpti

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5、 JkM a*b tkl-a I f-at 点Protonation &Tautomers下面的Extrace/Delet Waters可以选定对接时想保留的水分子 （可以从主窗口中点选） ■I I-.: HIOHlST 肿H］帕 MQM伸 H I--, L HpjHjea _ HCWZW □ MMMS H3H2CCT HIHZDS- - !■ r「・ J ■ I ： ■ <1 | 1 > I 1 S r r ” I- I du^A； than ■廿.阳耳 In 韵snl lU4 IhA Eg.t waba^ Rir ZuckJ中 tu

6、dui. 乍a lv Mfer.Z 知 j^hr ■皿3・士 ton^n ulm p-ain d-a LafatH -ParMH^Witwi H W Th litfn 住OM 勾选后选择 Ex trac t Aaters For Docihi血耳 以取出对接时想保留的水，保存 然后点 Delete Remaimng a.t^irs 删掉剩余的水分子。 然后再进行下一步，可以删除和保留 PDB 里的 ligand dlh ftl DpTjnhg ProtDr at on 直飞utome「号 ExtidC/Dclete Wdte rs Delate Ligan

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8、titr c-tx. Ke vsei ten define the 11ndiiiE sit* wl rc written t* file for Ictcr 匚enp ^TfEiciL vi tfc a•口上i•呷 iraisalLts. 与上一步水分子一个道理，可以取出 ligand （可用来检查对接的重现性） 下一步 Define the binding Site

9、 常 GOLD ^ctup 选中ligand后定义结合位点，此时该 ligand周围的残基变成灰色 下一步对接采用的模板，直接跳过 Wizard step 4： Options 1 — Innd a configiirrition template iitter c1los tc 1^4.4. DZk* tin cpctfi.吕疋县七i on. ttplete: :m tKe li=i tisl^ he Lo4.il T亡TYpl占tor press fctect t> ^ordijuie vlth llib d^ftuLl 鸟已 ::JY

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13、d step 5： Chouse a fitness function GOLD 克左匸呕t svjr ii Eb4r4A.t 丘血兰11丄出nz - tha original 由丸L証亡ex is th d<^xLt„ 114^.54 eko4s.4 ili4 呻y*u sJk t* ust r th: 5 44e]fLhg Global Opti cKns 3HIF 匚t.首p左： 1. Select a [mt olein 2. Pr*t*m 匸Hup 3. Delue 11 le Lilddil•唱=i l七 4 Ctfnfi en tir^>] at 5： Sclc

14、ict li^wdz ft Chna^t n fi Fnn 7. GA se-C"ch. cpti 0. Finish 然后选择遗传算法的速度 毎 LD Setup n I回 Wizard step 7; Genet ic Algorilhn search opt ions Th.* Li ne t-aken to per crir a i 3 -t K-sl-uic e I e tv a eh sp- el anJ. iccur-acy — tLe zlcwei: tl.e 通 0心丄丘匸辰 L1le nar c ^.ccur olLe i t ft ill be

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16、tup n I回 也可以点More进行进一步的调整 毎 LD Setup n I回 毎 LD Setup n I回 然后就Finish 了 毎 LD Setup n I回 Wizard wtep 8： Pinish basic GOLD conflEuration 1 O1!亡苴L L tbk&ir Uk 占⑷电Jtl咤 Ti<^ >r Oil l出 Ul4 nBFQ 亡wuti 0TA电丄#J>tiTiS. Yie ard e, J. S-aUet耋护咸酹n 2. TfvljEiii AEL-ip 3. Jofi^c ikb

17、bixicinc *3lie <.Confw 5 Selecl li: Eands 6. CtiM^e： 3. Ci tnexs Zonztic ".-JA. I*EU€扎 Op电 1实显号 ll f 1 fill ill 皿 SOU) 点RunGOLD后，选择储存的路径等等，就可以运行了。 3. 但是，其实可以做一些调整设置，我们这里点 Advaneed，就变成了一开始的 GOLD Setup,但不用惊慌，之前的设置已经保存在里面了 （其实一开始就可以在这里进行设置） 我们这里选 Output Options，取消对于 Savelone pairs的勾选 毎 LD Setup n I回 这样的话，输出的结果文件就不会有 Ion epair 了（感兴趣的读者可以试试不取消这一项, 在maestro中打开输出结果是什么样的） 另外，也可以根据需要在这里做其他方面的设置。 ByZhouyang 2014/03/05