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Windows环境下HMMER3.0使用经典案例
作者：hefuxin，创建时间：2016.01.25
1. HMMER 3.0下载与安装
1.1 下载地址http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip
1.2 下载后解压缩于D:\Program Files\HMMER，即可启动cmd命令转到D:\Program Files\HMMER下即可使用
2. 多序列比对使用HMMbuild获得HMM模型
2.1 下载同一家族蛋白氨基酸序列（本文以PR1为例），保
2、存于pr1.fas
2.2 使用clustalX2进行多序列比对，输出文件格式为fasta格式，输出结果为pr1ali.fasta
2.3 使用在线格式转换工具，将多重序列比对文件格式转换为HMM识别格式
在线工具网址为
即将fasta格式转为Stockholm格式，输出文件为pr1ali.stockholm
2.4 通过HMMbuild将文件pr1ali.stockholm转换成隐马尔科夫模型文件pr1ali.hmm，建立PR1蛋白的隐马尔科夫模型
将pr1ali.stockholm复制至D:\Program Files\HMMER，运行cmd，转到D:\Program Fil
3、es\HMMER文件夹下，运行命令为 >hmmbuild pr1ali.hmm pr1ali.stockholm。运行结果如图1
图1 蛋白家族隐马尔科夫模型的建立
3. 通过HMMsearch用已建立的HMM文件对蛋白数据库中的蛋白家族进行预测
3.1 利用已建立的PR1家族的HMM文件，预测白菜基因组蛋白数据库中PR1蛋白序列
3.2 白菜基因组蛋白数据库下载，及白菜中PR1蛋白预测。
下载地址为ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Brassica_rapa/protein/protein.fa.gz，解压缩至D:\Program Files\HMMER
4、，形成数据库文件protein.fa。运行cmd，转到D:\Program Files\HMMER文件夹下，运行命令为>hmmsearch pr1ali.hmm protein.fa > pr1ingenome.out，运行结束在D:\Program Files\HMMER下形成结果文件pr1ingenome.out，可以使用记事本或者excel打开查看，进行分析，结果如图2。
图2 利用建立的隐马尔科夫模型（HMM文件）预测数据库相应蛋白序列
4. 参考文献
百度文库：实习四：多序列比对(Multiple alignment) 上传by wywd12315
博耘生物-hmmer的安装与使用：
官方文档手册（pdf）：ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/Userguide.pdf
生物秀：HMMER学习笔记：
【精品文档】第 2 页
Windows环境下HMMER3.0的使用亲测
